Нео, Тринити и Морфеус все также сражаются против армии машин. Чтобы победить в этой войне им придется задействовать оружия и также свои экстраординарные навыки. В этой битве они больше узнают обо всей Матрици и какую роль Нео играет в ней. И снова в этой части мы повстречаем Агента Смитта, только в усовершенствованной форме.