Армия Машин пытается уничтожить весь Зион, но люди держат оборону. Вся надежда только на Нео, который впервые попадет в самый центр Города Машин. А также нашего героя ожидает финальная схватка с Агентом Смитом, которого создала Матрица и теперь она его не может контролировать.